A Embrapa Soja dispõe de 22.390 metros quadrados de área construída, divididos em 34 casas de vegetação, 29 laboratórios, auditório com 3 salas de apoio, biblioteca, restaurante, garagem para veículos e  máquinas agrícolas, galpões de apoio, cozinha experimental e prédios administrativos.

A Unidade conta com 290 empregados em seu quadro de pessoal, sendo 63 pesquisadores, a maioria com doutorado e pós-doutorado em diversas áreas do conhecimento. A Empresa conta ainda com empregados especializados, que exercem funções de apoio à pesquisa tanto no campo como em laboratórios e na área administrativa.