Londrina 
A sede da Embrapa Soja está localizada na Fazenda Santa Terezinha, Distrito de Warta, a 20 km do centro de Londrina - Paraná. A fazenda possui 350 hectares, sendo 35 ha referentes à área de preservação ambiental,  enquanto o restante constitui-se em campos experimentais. Além da Fazenda Santa Terezinha, a Embrapa Soja conta com a Fazenda Maravilha, localizada no Distrito de Maravilha, a 35 km do centro de Londrina, com 121 hectares. A Embrapa Soja também possui um campo experimental em Balsas - MA.

Balsas
A Embrapa Soja também possui um campo experimental em Balsas, no Maranhão, onde desenvolve pesquisas, principalmente, para o melhoramento genético de cultivares, fitopatologia e fertilidade de solos, com o objetivo de gerar tecnologias para as regiões Norte e Nordeste. Balsas é um município localizado no Sul do Maranhão e tem uma população de 45 mil habitantes, sendo que a maioria se dedica à atividade agropecuária, especialmente à produção de soja.