O Sistema Embrapa de Gestão (SGE) agrupa os projetos de pesquisa da Embrapa dentro de seis Macroprogramas:
- Macroprograma I : Grandes desafios nacionais
- Macroprograma II: Competitividade e Sustentabilidade Setorial
- Macroprograma III: Desenvolvimento Tecnológico Incremental do Agronegócio
- Macroprograma IV: Transferência de Tecnologia e Comunicação Empresarial
- Macroprograma V: Desenvolvimento institucional
- Macroprograma VI: Apoio ao desenvolvimento da agricultura à Sustentatibilidade do Meio Rural