O Sistema Embrapa de Gestão (SGE) agrupa os projetos de pesquisa da Embrapa dentro de seis Macroprogramas:

• Macroprograma I : Grandes desafios nacionais
• Macroprograma II: Competitividade e Sustentabilidade Setorial
• Macroprograma III: Desenvolvimento Tecnológico Incremental do Agronegócio
• Macroprograma IV: Transferência de Tecnologia e Comunicação Empresarial
• Macroprograma V: Desenvolvimento institucional
• Macroprograma VI: Apoio ao desenvolvimento da agricultura à Sustentatibilidade do Meio Rural